終極魔王（Master Vile）使用毀滅之球逆轉了地球的運行，時間因而倒轉，戰士們成為沒有超異能的小孩。他們前往不同時空找尋並重組散落的奇奧水晶（Zeo Crystal），這段時間由外星戰士和已恢復的比利捍衛地球。當奇奧水晶重組，一切才回復正常。 任務成功尚未多久，基地遭到天狼將軍及阿達武士（Rito）侵入並竊走奇奧水晶，幸好在爆炸前戰士們已經逃出，基地被毀他們頓失依靠。在廢墟間搜尋時發現了奇奧水晶，顯然是兩個笨賊掉的。此時戰士們跌落地底，來到宙威與智多星在爆炸時重建的新基地。當玄冥大帝一夥正慶祝擊敗金
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